Hingga kepengurusan tahun 2017-2018, telah bergabung sebanyak 40 lembaga ilmiah dalam keanggotaan BAPIN-ISMKI. Jumlah ini diharapkan akan terus bertambah sehubungan dengan masih adanya sebagian fakultas kedokteran di Indonesia yang belum memiliki lembaga ilmiah ataupun telah memiliki lembaga ilmiah namun kurang optimal dalam penyelenggaraannya.

Anggota Tetap
  • FDI HIPOKAMPUS – Universitas Syiah Kuala
  • SCORE PEMA – Universitas Sumatera Utara
  • FKIA – Universitas Sriwijaya
  • MRC – Universitas Andalas
Anggota Muda
  • MRI – Universitas Islam Sumatera Utara
  • LUNAR – Universitas Lampung
Anggota Tetap
  • LPP – Universitas Indonesia
  • M2RC – Universitas Muhammadiyah Jakarta
  • RLU – Universitas Jendral Ahmad Yani
  • SRC – Universitas Padjajaran
  • SRC – Universitas Kristen Maranatha
Anggota Muda
  • TRIFIC – Universitas Trisakti
  • MERCY – Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah
  • VERSA – Universitas Veteran Pembangunan Nasional
  • MYRSA – Universitas Tanjungpura
  • AtmaSEARCH – Universitas Katolik Atmajaya
  • CMRC – Universitas Islam Bandung
Anggota Tetap
  • Kastrat de Geneeskunde – Universitas Sebelas Maret
  • MSC – Universitas Gajah Mada
  • SMART – Universitas Islam Indonesia
  • MARS – Universitas Muhammadiyah Yogyakarta
  • DIMER-C – Universitas Diponegoro
  • M-URGENT – Universitas Jenderal Soedirman
Anggota Muda
  • CORNEA – Universitas Muhammadiyah Surakarta
  • UMERS – Universitas Islam Sultan Agung
  • FSIM – Universitas Lambung Mangkurat
Anggota Tetap
  • LSIM – Universitas Brawijaya
  • FORMULA LGM – Universitas Islam Malang
  • FORISMA – Universitas Airlangga
  • SRCR – Universitas Jember
  • KIH – Universitas Udayana
  • KIAs – Universitas Warmadewa
  • MYRC – Universitas Hasanudin
    AYR – Universitas Muslim Indonesia
    MRC – Universitas Halu Oleo
Anggota Muda
  • Scientific Medico – Universitas Muhammadiyah Malang
  • AYR – Universitas Mataram
  • MARC – Universitas Muhammadiyah Makassar
  • ALMERC – Universitas Alkhairaat Palu
  • MSC – Universitas Sam Ratulangi