Presidium atau Badan Pengurus Inti adalah perangkat BAPIN-ISMKI yang terdiri dari ketua, wakil ketua, sekretaris, wakil sekretaris, dan bendahara. Presidium memiliki deskripsi tugas melakukan manajemen organisasi, koordinasi antar divisi dan melaksanakan tugas-tugas harian.

Divisi Hublu-IT (Hubungan Luar dan Informasi teknologi) berfokus pada hubungan luar dan hal yang berhubungan dengan masalah informasi ke dalam dan keluar untuk BAPIN-ISMKI. HUBLU-IT sendiri lebih berfokus untuk hal-hal yang bisa memperkenalkan BAPIN-ISMKI untuk area yang lebih luas baik dikalangan regional, nasional maupun internasional.

Divisi Palapa (Pengembangan Lembaga Penelitian dan Ilmiah) mengambil peran dan tanggung jawab untuk menggali, mengoptimalkan, dan membina kualitas sumber daya mahasiswa dan lembaga ilmiah serta bertanggung jawab dalam membuat standar lembaga ilmiah institusi yang berkualitas dan melakukan proses kaderisasi dengan mengkaji dan memantapkan pengembangan sumber daya manusia secara integral, terarah, berkesinambungan dalam membentuk kader-kader penerus BAPIN-ISMKI.

Divisi Danus (Dana dan Usaha) bertugas dalam pemenuhan dana yang dibutuhkan dalam setiap kegiatan keorganisasian yang dilaksanakan oleh BAPIN-ISMKI. Untuk melakukannya, divisi DANUS melakukan pengadaan jas BAPIN-ISMKI, merchandise BAPIN, dan kegiatan sponsorship untuk membantu dalam pemenuhan kebutuhan dana yang dibutuhkan oleh BAPIN-ISMKI.

Divisi Temilnas (Temu Ilmiah Nasional) bertugas untuk mengoordinasikan kegiatan-kegiatan ilmiah yang diselenggarakan oleh BAPIN-ISMKI dan Institusi Anggota BAPIN-ISMKI.

Divisi PMC-KI (Penelitian Multi-Center – Kajian Ilmiah) mengakomidir pemenang penelitian PMC pada kegiatan Temu Ilmiah Nasional (TEMILNAS) yang dilaksanakan oleh BAPIN-ISMKI. Penelitian Multi Center (PMC) adalah suatu penelitian dengan ruang lingkup yang lebih luas daripada penelitian biasa..

Divisi Jimki (Jurnal Ilmiah Mahasiswa Kedokteran Indonesia) memiliki peran dalam menerbitkan secara berkala JIMKI. JIMKI sendiri merupakan satu-satunya jurnal resmi mahasiswa kedokteran di Indonesia. JIMKI dibentuk pada tahun 2008 oleh BAPIN dan pada tahun 2012 JIMKI bergabung dengan Berkala Ilmiah Mahasiswa Kesehatan (BIMKES).

Divisi KPSDM (Kaderisasi dan Pengembangan Sumber Daya Manusia) merupakan control dari BAPIN-ISMKI. Departemen ini bertugas untuk mengkader para staff untuk menjadi pribadi yang berakhlak, cerdan dan berdedikasi dalam bidang penelitian. Selain itu, KPSDM juga berperan dalam mempererat kerekatan antar anggota BAPIN-ISMKI.